I Chronicles 27:23:
ולא נשא דויד מספרם למבן עשרים שנה ולמטה כי אמר ה’ להרבות את ישראל ככוכבי השמים. יואב בן צרויה החל למנות ולא כלה ויהי בזאת קצף על ישראל ולא עלה המספר במספר דברי הימים למלך דויד.
This contradicts chapter 21, and the parallel story in II Samuel 24, where יואב tries to unsuccessfully to convince David NOT to count the people.
Furthermore, while the above verse and the story as told in II Samuel are highly critical of the act of counting the people, when Solomon counts the people in anticipation of building the Temple, there seems to be no judgement at all, neither of Solomon nor of David:
II Chronicles 2:16
ויספר שלמה כל האנשים הגירים אשר בארץ ישראל אחרי הספר אשר ספרם דויד אביו…
Is it because he is counting the גירים that there is no negative judgement of his census?
Furthermore, in II Chronicles 25:5
ויקבץ אצמיהו את יהודה ויעמידם לבית אבות לשרי האלפים ולשרי המאות לכל יהודה ובנימן ויפקדם למבן עשרים שנה ומעלה וימצאם שלש מאות אלף בחור יוצא צבא אחז רמח וצנה
Here too there is no judgement of the counting of the people.
There are other instances of counting the people that don’t seem to carry any judgement:
I Samuel 11:8
ויפקדם בבזק ויהיו בני ישראל שלש מאות אלף ואיש יהודה שלשים אלף
IN I Samuel 15:4 before going to war with the Amalekites, Saul counts his army, though in this case ויפקדם בטלאים (whatever that means) – perhaps indirect counting is acceptable?
Rashi here explains the prohibition of counting the people:
ויפקדם בטלאים – אמר לכל אחד ואחד שיקח טלה מצאנו של מלך ואחר כך מנה את הטלאים לפי שאסור למנות את ישראל שנאמר בם לא יספר מרוב (בראשית ל”ב י”ג):
RadaK has a long comment on this verse, discussing whether בטלאים refers to a place called טלאים, or whether it refers to using lambs as a proxies for counting the people:
בטלאים – שם מקום אף על פי שבא בה”א הידיעה ושלא כמנהג הנה כמוהו בקרקע בסכות בשטים ויונתן פירשו כמו ובזרועו יקבץ טלאים שתרגומו באמרי פסחיא ואם כדבר יונתן שפסחים היו אם כן זמן פסח היה ובנוב שהיה אהל מועד שם פקדם שהביאו פסחיה’ ועל ידי הפסחים ידע מניינם כי פסח לא היה קרב בבמת יחיד ובדברי רבותי ז”ל שמנה אותם בטלאים לא מן הפסחים אלא שאמר להם שיקחו כל אנשי החיל טלאים משלו ויקח כל אחד טלה אחד ואחר כך צוה למנות הטלאים וסמכו על זה הפסוק ואמרו אסור למנות את ישראל אפי’ לדבר מצוה שנאמר ויפקדם בטלאים אמר רבי אלעזר כל המונה את ישראל עובר בלאו שנאמר אשר לא ימד ולא יספר ואמרו כל זמן שנמנו ישראל לצורך לא חסרו שלא לצורך חסרו בימי דוד נראה כי אפילו מנה אותם בדבר אחד כיון שמנה אותם שלא לצורך הם חסרים שאם כן למה לא לקח יואב מכל אחד שום דבר וימנה הדבר ההוא ולא יהיה בהם נגף וכן כשמנה אותם לצורך צריך שימנה אותם בדבר אחד כמו שאול שמנה אותם בטלאים וכן במלחמה הראשונה שפקדם בבזק שפירושו באבנים כמו שפירשנו
Joshua 8:10
רד”ק commensts- השגיח בהם ונתן עינו עליהם איך הם מוכנים למלחמ
מצודת דוד/מצודת ציון repeats the comment of רד”ק – i.e. there was no counting.